linux.or.id

Saat ini saya sedang berkutat menyelesaikan penelitian untuk thesis
saya. Berikut ini adalah pengalaman sejauh ini dengan Penguin sebagai
asisten pribadi untuk membantu penelitian. Harapan saya, ada orang lain yang mungkin terbantu atau malah memberikan masukan yang akan
memberi lebih banyak pencerahan.
Sebenarnya ada ide untuk menuangkannya sebagai artikel, tetapi
saya merasa untuk saat ini lebih cocok di-blog-kan saja dulu.
Setelah keseluruhan proses penelitian selesai, saya mungkin akan
punya lebih banyak waktu untuk menulis sebuah artikel yang agak
lengkap.
Saya sangat mengharapkan pencerahan selama menjalani proses ini,
terutama dari para senior yang sudah matang berkutat di dunia
penelitian ditemani Linux.

Kebutuhan utama pada awal penelitian (tahap persiapan) adalah
pengumpulan data. Berbagai buku dan bacaan mulai terkumpul.
Sebagian besar berupa file-file html dan pdf hasil download.
Sebagian yang dianggap menarik diprint untuk dibaca di perjalanan.
Tanpa disadari jumlahnya mulai mendekati tingkat "tak-terkendalikan"
lagi. Ratusan bahkan ribuan file didownload secara massal.
Kebiasaan awalnya adalah file di-rename kemudian diletakkan pada
suatu hierarki direktori tertentu. Mula-mula berjalan baik, tetapi
ketika jumlah yang akan di-rename dan dilokasikan datang secara
massal (oleh karena pemakaian mass downloader seperti kget),
kekacauan dimulai.

Saya bagai mendapat berkah dengan beberapa software yang saya
dapatkan di internet setelah googling beberapa waktu:
1. Namazu (http://www.namazu.org):
Desktop search (Beagle selalu crash dan itu membuat
saya terpaksa berpaling ke namazu). Penggunaannya cukup sederhana
dan bisa dikustomasi sesuai selera.
Saya memilih untuk hanya mengindeks file-file html dan pdf.
Namazu melakukannya dengan baik. Sekarang saya tidak perlu
terlalu pusing untuk memberi nama yang deskriptif untuk sebuah
file. Tidak perlu juga untuk meletakkannya dalam hierarki direktori
tertentu. Simpan saja di direktori ~/Penelitian. Suruh namazu mencari
berdasarkan kata kunci. Satu masalah beres.
2. JabRef (http://jabref.sourceforge.net) :
software berbasis java untuk mengorganisir referensi /kepustakaan.
Fitur yang membuat saya jatuh cinta adalah kemudahan
untuk mengambil langsung daftar pustaka yang saya perlukan dari
internet (MedLine). Oleh karena penelitian saya di bidang medis,
JabRef benar-benar jadi teman baik. Fitur lainnya adalah Grouping
yang bisa dilakukan berdasarkan kata kunci. Sekali lagi
saya tidak perlu copy & paste dari mana-mana, JabRef melakukannya
sekaligus. Saya bisa misalnya mengelompokkan Kepustakaan dengan
kata kunci "Antibiotic" lalu group Antibiotic di-subgroup-kan lagi
berdasarkan kata kunci "Resistance". Sakit kepala saya hilang.
3. Tellico (http://www.periapsis.org/tellico/) :
Tellico adalah sebuah 'collection manager'. Ditujukan untuk
menyimpan potongan-potongan informasi yang strukturnya teratur.
Tellico saya pakai untuk mengorganisir ide-ide.
Setiap kali ada kepustakaan tertentu yang saya pikir layak
dikutip, saya copy teks-nya lalu di-paste di tellico dengan
struktur yang menyerupai kerangka Thesis saya. Dalam waktu singkat
Kerangka Thesis saya sudah terisi penuh dengan teori hasil kutipan
sana-sini, termasuk gambar-gambar. Tanpa terasa kerangka teori sudah
jadi, tinggal dipoles sana-sini.
4. R (http://r-project.org):
Cukup lama saya mencari-cari software pengolah statistik untuk
saya pakai. Setiap kali Googling selalu mendarat ke R-Project.
Sudah di-download dan di-compile tanpa masalah. R sudah terintall,
celakanya saya malas baca dokumentasi (kelihatannya ini penyakit
menular :-) ). Masalahnya, ketika dijalankan R hanya tampil dengan
prompt yang berkedip syahdu, yang saya tatap dengan pesimis: "Harus
buang banyak waktu untuk belajar lagi nih."
Ternyata kesan pertama yang tidak menggoda itu salah.
Setelah menjalankan help.start(), Introduction-nya langsung
membangkitkan semangat. Setelah membaca manualnya kurang lebih
setengah jam, saya bisa menampilkan sebuah kurva x kuadrat pada
sebuah jendela.
(Hei, tidak begitu jelek, untuk seorang newby, kan?).
Saya juga memasang Rkward dan Rcmdr sebagai GUI untuk R.
Setelah mulai terbiasa, tampaknya command line merupakan jalan
yang tidak bisa ditinggalkan karena terlalu powerful untuk diganti
dengan GUI.

Saat ini proposal penelitian sudah rampung, tinggal menunggu
persetujuan. Masukan dari rekan lain yang sudah pernah menjalani
"path" yang sama sangat saya harapkan.